O Seminário Maior Diocesano de Anápolis – Imaculado Coração de Maria – teve início em 19 de março de 1980. Inicialmente funcionou na residência episcopal, tendo a sala de estar por sala de aula, com cerca de 20 seminaristas. O seu primeiro Reitor foi o Pe. Vittorio Lucchesi, ajudado pelo Pe. Heládio Alvarez Rodrigues, da Diocese de Santos – SP.
Foram os primeiros professores: Dom Manoel Pestana Filho, Pe. Vittorio Lucchesi, Pe. Edson Alves dos Santos, Pe. José Cardoso da Silva, da Diocese de Santos – SP, e Frei Beraldo Hanlon, OFM.
Após dois meses, passou para as instalações da Paróquia N. Srª. da Abadia, no bairro Vila Góis. Mais tarde, para as dependências da Paróquia de Santo Antônio.
No início de 1986, estando pronta a Casa do Sacerdote Idoso, no Bairro Alto da Bela Vista, foram para lá transferidos os seminaristas maiores, ficando os menores na Paróquia de Santo Antônio.
Depois, o Seminário foi transferido para as instalações do recém construído seminário no Mosteiro da Santa Cruz. Uma parte dos seminaristas estudou em Arujá – SP, no seminário dirigido pelos padres Legionários de Cristo. O Seminário Menor passou a funcionar em Arujá – SP, e no Seminário da Diocese de Petrópolis – RJ.
No início do ano 2004, o Seminário Maior foi transferido para as instalações próprias da Diocese, no Bairro Miranápolis. O reitor era o Pe. Dr. Ingo Dollinger e vice-reitores Pe. Andreas Dankl, ORC, e Pe. Peter Lechermann. De 2004 a 2010, o reitor foi o Pe. Eli Ferreira Gomes, do clero da Diocese de Anápolis. A partir de 2011 até 2017, o reitor foi o Revmo. Pe. Edmilson Luiz de Almeida. Até o ano de 2012, o Seminário teve como vice-reitor e prefeito de estudos o Pe. Rogério Silva de Morais e como diretor Espiritual o Pe. Arnaldo Trindade de Souza. A partir de 2013, o vice-reitor e prefeito de estudos foi o Pe. Fábio Aparecido Barbosa, sendo substituído pelo Revmo. Pe. Diego Neves Spagnolo, que permaneceu no cargo nos anos de 2016 e 2017. No início do ano de 2018 foram nomeados para os cargos de Reitor e Vice-reitor, os padres Anevair José da Silva e João Paulo Cardoso de Moraes, respectivamente. Em 2022, o Padre Walisson Corrêa é nomeado Vice-reitor do Seminário. Em 2025, o Seminário completou 45 anos de história, na qual foi celebrada a Santa Missa pelo Exmo. Revmo. Dom João Wilk, Bispo Diocesano, em honra a São José e em ação de graças pelo aniversário do Seminário, também em gratidão a Deus por tantos que passaram por esta casa de formação, especialmente pelos 120 sacerdotes. Atualmente, o Seminário possui quatro formadores: o Pe. Anevair José – Reitor, Padre Walisson Corrêa – Vice-reitor, Padre Marcos José – Diretor do Propedêutico e Padre Roniram Pereira – Diretor Espiritual Residente. Damos graças a Deus pelo testemunho e dedicação de Dom Manoel Pestana Filho, o qual edificou este Seminário e a Dom João Wilk, pela continuidade no trabalho de formar sacerdotes segundo o Coração de Cristo.